Pare de se preocupar e comece a amar o NumPy
Eu demorei um pouco para me acostumar com o Numpy, programação vetorial é bem diferente do estilo mais imperativo e orientado a objetos do Python. Até eu entender melhor as diferenças e aprender alguns “truques” de sintaxe, não me sentia muito confortável usando o Numpy.
Para mostrar os meus aprendizados nesse processo de adaptação, vou abordar um problema a partir de duas perspectivas. Primeiro, desenvolver uma solução mais imperativa e orientada a objetos em Python. Depois, implementar o mesmo problema usando uma abordagem vetorial com NumPy.
Definindo o problema
O objetivo do post é contrastar uma mesma solução em dois paradigmas diferentes, então usarei um problema simples como base. A ideia é projetar informação de hora como um ponto no círculo trigonométrico, os detalhes do porquê disso e como essa representação é útil, está em outro post.
O leitor pode ficar tranquilo de seguir nesse post sem entender a motivação prática ou a matemática, essa transformação pode ser tratada como uma “caixa-preta” sem prejuízos à discussão.
O primeiro passo dessa transformação, é calcular o arco que a hora gera a partir da meia-noite:
\[hora_{r} = \frac{\pi}{2} - \frac{(hora + minutos/60)}{\pi/12}\]Depois, esse arco é projetado no círculo trigonométrico:
\[f(hora_{r}) = (cos(hora_{r}), sin(hora_{r})) \\ x, y = f(hora_{r})\]Solução “a moda OO”
Conforme definido na introdução, primeiramente será desenvolvida uma solução orientada a objetos para resolver o problema, sem o uso da biblioteca NumPy.
Para trabalhar com horas e datas, já existe a classe datetime nativa do Python. Criando uma sub-classe datetime_circle
, contendo dois novos métodos, podemos adicionar esse novo comportamento à classe datetime
:
from datetime import datetime
import math
class datetime_circle(datetime):
def to_radians(self) -> float:
hours = self.hour + (self.minute / 60)
return (math.pi / 2) - (hours * (math.pi/12))
def to_coordinates(self) -> (float, float):
radians = self.to_radians()
return math.cos(radians), math.sin(radians)
Utilizando o conceito de sub-classe, foi possível adicionar o novo comportamento, aproveitando as vantagens do polimorfismo. Abaixo, um exemplo de uso, combinando os métodos nativos da classe datetime
junto com os métodos criados na classe datetime_circle
:
In [2]: datetime_circle.strptime('00:00', '%H:%M').to_coordinates()
Out[2]: (6.123233995736766e-17, 1.0)
In [3]: datetime_circle.strptime('12:00', '%H:%M').to_coordinates()
Out[3]: (6.123233995736766e-17, -1.0)
In [4]: datetime_circle.strptime('6:00', '%H:%M').to_coordinates()
Out[4]: (1.0, 0.0)
Nenhum problema inerente a essa solução, especialmente se estamos adicionando esses recursos a uma base de código pré-existente, com vários desenvolvedores envolvidos e códigos baseados na classe datetime
.
Porém, a minha necessidade era outra.
Eu precisei dessa transformação para resolver um problema de agrupamento, que envolve aplicá-la em milhões de linhas de um DataFrame. Nesse cenário, dois problemas surgem: desempenho e integração.
Para deixar essa transformação sobre DataFrame reaproveitável, optei por encapsular a transformação em uma função auxiliar. Dessa forma, eu consigo usar com o método apply
em qualquer DataFrame e esconder um pouco da implementação:
def datetime_to_coordinates(row: pd.Series, column: str):
x, y = datetime_circle.strptime(row[column], '%H:%M:%S').to_coordinates()
row[f'{column}_x'] = x
row[f'{column}_y'] = y
return row
O problema é que ficou extremamente lento, demorando uma média de 5 segundos, para ser executado em um DataFrame de apenas 3000 linhas:
%%timeit -n 15
df_samples.apply(lambda row: datetime_to_coordinates(row, 'time'), axis=1)
# 5.39 s ± 92.8 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 15 loops each)
Ao procurar alguma forma de otimizar essa solução, certamente a primeira sugestão será transformar seu código em uma solução vetorizada com NumPy. O apply
é bom para integrar código Python em manipulação de DataFrames, mas não oferece o melhor dos desempenhos.
Solução vetorial: bonita e eficiente
O Python é uma linguagem famosa por ser lenta, então não precisa de muito para cair em problemas de performance como esse. Quando se fala de análise de dados, não é raro esse cenário de precisar re-implementar algo em NumPy por desempenho.
Considerando esse fator, acredito que faça sentido pensar em uma solução vetorizada como abordagem padrão para análise de dados em Python. Não somente por isso, mas também porque programação vetorial é um paradigma pensado para trabalhar com esse tipo de problema.
Entendo que sempre é complicado lidar com um paradigma novo – mesmo que adequado para o problema em questão – é desgastante pensar de outra forma. Minha relação com o NumPy era assim: preferia fazer o código usando orientação a objetos em Python que estava acostumado, mas acabava obrigado a transformar em NumPy para ter uma performance aceitável.
Depois de aprender alguns conceitos e alguns truques de sintaxe, minha relação com o NumPy melhorou.
Pense em modelar operações, não objetos
Um dos melhores insights sobre as diferenças entre os paradigmas funcional e orientado a objetos, é entender que eles lidam com os problemas de perspectivas perfeitamente opostas.
Em orientação a objetos, é normal pensarmos nas características dos objetos (atributos) e seus comportamentos (métodos). Na solução implementada, adicionei ao objeto datetime
o comportamento de apresentar as horas na forma de um arco com o método to_radians
.
Na abordagem vetorial, que lembra a funcional nesse aspecto, pensamos apenas na transformação sem associá-la a um objeto:
import numpy as np
def hour_to_radians(hours):
return (np.pi / 2) - (hours * (np.pi/12))
Não parece muito diferente, porque no final ainda precisamos escrever a função, mas há um detalhe importante se olharmos a implementação vetorizada. O atributo hours
pode ser tanto uma escalar como uma matriz, porque o objetivo do NumPy é deixar a operação de multiplicação transparente em relação aos objetos envolvidos.
Para alguns tipos de problema, faz mais sentido pensar nas abstrações dessa forma que associando a objetos. Suponha que temos uma matriz \(A\) e uma escalar \(x\). Quando definimos uma multiplicação entre matriz e escalar, escrevemos da mesma forma que entre duas escalares ou duas matrizes, na forma “\(xA\)” e não algo como “\(A.multiplicaEscalar(x)\)”.
Para linguagem matemática, essa abstração do NumPy1 me parece mais intuitiva que orientação a objetos. Após anos abstraindo problemas a partir de objetos, pode parecer estranho essa perspectiva, mas faz sentido dependendo do contexto.
Sintaxe: assign e parenteses ao resgate
Abordada a questão da abstração, um outro problema é a sintaxe.
Em geral, não gosto muito de discussões sobre sintaxe, porque normalmente se resume a uma questão de preferências. Entretanto, apesar de adorar programar em Python, me sentia lutando contra a linguagem para lidar com código mais declarativo do paradigma vetorial.
Nessa “luta”, acho que duas coisas me ajudaram muito: o método assign
dos DataFrame e o uso de parenteses para concatenar comandos. Ainda há alguns percalços, como será discutido adiante, mas essas duas dicas já ajudam bastante na hora de trabalhar com Numpy e pandas.
O assign é a forma padrão de adicionar/modificar colunas do DataFrame, mas algo interessante que eu não sabia, é a possibilidade de auto-referenciar o DataFrame usando lambda
.
No exemplo da documentação, podemos ver que uma variável, criada no próprio assign
, pode ser utilizada na criação de outra dentro do mesmo comando:
>>> df.assign(temp_f=lambda x: x['temp_c'] * 9 / 5 + 32,
... temp_k=lambda x: (x['temp_f'] + 459.67) * 5 / 9)
temp_c temp_f temp_k
Portland 17.0 62.6 290.15
Berkeley 25.0 77.0 298.15
A despeito de ser possível criar duas variáveis dependentes em um comando assign
, prefiro fazer em comandos separados. Separar os comandos facilita a depuração, já que posso facilmente comentar algumas partes do processo e também oferece uma relação de ordem mais explícita.
O que torna chato separar um comando assign
em múltiplos, é que no Python a quebra de linha é relevante, tornando necessário o uso do caracter de escape "\"
para que o interpretador as desconsidere.
Uma alternativa ao escape, é colocar esses múltiplos comandos assign
entre parenteses, já que tudo que está dentro dos parenteses é tratado como um único comando pelo interpretador.
Abaixo, a minha solução para a transformação, usando múltiplos comandos assign
e parenteses para facilitar a organização:
%%timeit -n 15
(df_samples
.assign(hour = lambda df: pd.to_datetime(df.time))
.assign(hour_radians = lambda df: hour_to_radians(df.hour.dt.hour + df.hour.dt.minute.div(60)))
.assign(hour_x = lambda df: np.cos(df.hour_radians),
hour_y = lambda df: np.sin(df.hour_radians)))
# 164 ms ± 5.93 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 15 loops each)
Em relação ao ganho de desempenho, não tem o que discutir: vai de 5,4 segundos em média para 0,164 segundos, 30 vezes mais rápido. Em relação às qualidades subjetivas do código, acho que essa solução continuou elegante e clara.
Infelizmente, para encapsular essa transformação nos moldes da função datetime_to_coordinates
, criada para a solução orientada a objetos, precisei recorrer a uma gambiarra. Usando o método rename
do pandas, é possível manter a definição das colunas de forma dinâmica:
def datetime_to_coordinates(df: pd.DataFrame, column: str):
return (df_samples
.assign(hour = lambda df: pd.to_datetime(df[column]))
.assign(hour_radians = lambda df: hour_to_radians(df.hour.dt.hour + df.hour.dt.minute.div(60)))
.assign(hour_x = lambda df: np.cos(df.hour_radians),
hour_y = lambda df: np.sin(df.hour_radians))
.rename(columns={'hour_x': f'{column}_x',
'hour_x': f'{column}_y'})
.drop(columns=['hour', 'hour_radians'])
)
Além de não ser muito bonito renomear as colunas ao final, caso o DataFrame tenha alguma coluna com o nome das transformações intermediárias, pode gerar uma alteração indesejada. Tratar seria possível, mas trabalhoso.
No contexto de uso dessa transformação, essa solução me agrada mais que a orientada a objetos. Toda a solução pode ser encapsulada em uma única função, o que facilita a compreensão e modificação da implementação, duas necessidades muito recorrentes no cenário de experimentação.
Parece arcaico e até contraproducente juntar código em um mesmo arquivo, mas dinâmica de um Jupyter notebook é bem diferente de um ambiente de desenvolvimento moderno. Em editores de textos e IDEs, normalmente é rápido e simples transitar entre múltiplos arquivos. Em um notebook, lidar com múltiplos arquivos é mais parecido com ler um livro em que sempre precisamos ir para o anexo.
Conclusão
Se você olhar o notebook do estudo que originou esse post, perceberá que me adaptei bem a esse estilo de programação. Alguns meses atrás, eu mesmo acharia esse código bastante estranho, mas acredito que para problemas de análise exploratória e modelagem, é o mais adequado.
Exceto a performance, as demais questões de discussão entre as duas soluções são subjetivas. Não existem métricas que indiquem códigos mais “claros”, “elegantes” ou “organizados”. Adoro debater esses aspectos, mas não faço questão de convencê-lo de nada: sinta-se a vontade para preferir a solução orientada a objetos, considerá-la mais organizada que a implementação em NumPy.
Espero no entanto que, ao menos, a reflexão seja válida e essas dicas sejam úteis para quem precisa lidar com NumPy. Gostando ou não, é uma ferramenta fundamental do ecossistema Python de ferramentas científicas.
-
infelizmente esse exemplo é meio falho, porque o operador
*
não multiplica duas matrizes. Há outros métodos comomatmul
edot
, mas a organização geral do NumPy é para manipular os objetos independentemente dosshapes
envolvidos. ↩